San Miguel Petapa cuenta con varias fuentes de agua importantes: Ríos: Pínula, Villalobos y Platanitos, que se unen al río Villalobos antes de desembocar en el Lago de Amatitlán. El río Villalobos también sirve de límite con el municipio de Villa Canales. Manantiales: Ojo de Agua, que proporciona agua potable para la población local y la ciudad capital.